中国科学院数学与系统科学研究院成立于1998年12月，是由中国科学院数学研究所、应用数学研究所、系统科学研究所及计算数学与科学工程计算研究所4个研究所整合而成，是一个综合性的国立学术研究机构，覆盖了数学与系统科学的主要研究方向。

中国科学院数学与系统科学研究院历年来获得科技重要奖励500余项，包括首届国家最高科学技术奖、5项国家自然科学奖一等奖、1项国家科学技术进步奖特等奖、1项有“东方诺贝尔奖”之称的邵逸夫数学科学奖、27(或者29)项国家自然科学奖二等奖以及50余项国际学术奖励和荣誉。不少重要的应用成果受到中央领导和实际部门的充分肯定，显示了数学和系统科学理论在国民经济主战场的作用。研究院科研队伍实力雄厚，现有职工338余人，其中科研人员248人，包括中国科学院院士16人，中国工程院院士1人，第三世界科学院院士6人，中国科学院“百人计划”入选者和国家杰出青年基金获得者约80人。中国科学院数学与系统科学研究院历来重视人才培养，有15个硕士点、12个博士点(二级学科)，至今培养硕士与博士研究生3000多人(其中，硕士研究生1588名，博士研究生1876名)，博士后232名。研究院下属的4个研究所是我国最早被批准具有硕士、博士学位授予权的单位之一，是首批国家批准的博士后流动站之一。